云南大學歷史學科歷史悠久，積淀深厚。1923年，私立東陸大學開設歷史課程。1925年春，歷史系成為云南大學最早設置的系目之一。1937年，云南大學初設文史系，下有史學組。民國時期，聞宥、錢穆、顧頡剛、吳晗、白壽彝、向達等著名歷史學家都曾在此任教。1951年正式成立歷史系。先后設有歷史學、中國民族史、檔案學、圖書館學、人類學、社會工作、世界史專業，形成了以方國瑜、江應樑、楊堃、李埏、尤中等著名歷史學家為代表的學科隊伍；先后成立具有學科特色的西南文化史、中國民族史、云南地方史、中國封建經濟史、西南邊疆史、南亞東南亞史、西南亞史、西南古籍研究等科研教學機構。
1964年，中國民族史專業開始招收培養研究生。1981年，在國家第一批學位點審批中，云南大學的中國民族史同時獲博士、碩士學位授權；專門史（經濟史）和世界史獲碩士學位授權。1986年，專門史（經濟史）獲博士學位授權；2000年，世界史獲博士學位授權。1993年，國家學科專業目錄調整，原中國民族史和專門史（經濟史）合并統稱為專門史。2003年，云南大學又先后獲得歷史學一級學科博士學位授予權（在歷史學下設8個二級學科外，又自主增設了社會史、邊疆學2個二級學科博士學位授權點）和歷史學博士后科研工作流動站，形成較為完善的學科體系和學科發展平臺。
1986年，云南大學的中國民族史、專門史（經濟史）被列為云南省首批省級重點學科加以建設。1995年，云南大學歷史系被國家教委批準為全國普通高校文科基礎學科人才培養與科學研究基地。2000年，以中國民族史為重要支撐的云南大學西南邊疆少數民族研究中心被國家教育部批準為全國普通高校人文社會科學重點研究基地。2007年，云南大學專門史獲準為國家重點學科。2016年，中國史入選云南省高峰學科。2019年，被教育部認定為首批“國家級一流本科專業”建設點。目前，在中國經濟史、中國民族史、中國邊疆學及西南邊疆史研究、歷史地理學、中國與南亞東南亞國家關系史等領域形成學科優勢特色。
截止2020年7月，歷史系共有教職員工50人，在職教授17人，副教授16人，講師16人，教輔人員1人?，F下設有歷史學本科專業（國家級基地班）1個；下設世界史、中國古代史、中國近現代史、中國民族史、中國經濟史、歷史地理6個教研室；擁有系所結合性質6個研究所：中國經濟史研究所、考古學與文物評估中心、歐美史研究中心、西南古籍研究所、歷史地理研究所（數字人文工作室）、西南環境史研究所；設有圖書資料室1個。
現有全國普通高校文科基礎學科人才培養與科學研究基地1個，專門史國家重點學科1個，中國史省級高峰學科1個，省級重點學科（中國民族史、中國經濟史）2個，省級哲學社會科學研究基地（滇學研究基地）1個，省級哲學社會科學創新團隊（云南高原歷史地理研究、西南邊疆研究與中國邊疆學構筑、南方絲綢之路與北方及海上絲綢之路關系整體研究及數據庫建設）3個，一級學科博士學位授權點（中國史）1個，博士后科研工作流動站（歷史學）1個，碩士學位授權點10個，專業碩士學位授權點（文物與博物館學）1個，已形成較完善的學科體系和發展平臺。
現有本科生202人，研究生共394人，其中碩士研究生319人，博士研究生75人。博士后在站研究人員3人。1995年1月，國家教委下發教高（1995）2號文件，正式批準了云南大學歷史學專業為“國家文科基礎學科人才培養和科學研究基地”，近半數本科畢業生可獲得免試推薦攻讀研究生機會。同時，為進一步提升本科人才培養質量，已建立與復旦大學聯合培養優秀本科生的培養機制以及本科—碩士—博士一條龍培養模式。
云南大學歷史學繼承傳統，注重夯實基礎，教研相輔，匯聚了諸多全國知名學者、教授及高層次人才，在中國經濟史、中國民族史、中國邊疆學、歷史地理學、歐美史等領域形成教研特色，在云南省內乃至全國歷史學界均獲得了較高聲譽，被公認為我國史學人才培養的重鎮之一。
云南大學世界史教研室是歷史與檔案學院歷史系之下專門從事世界史教學與研究的機構，也是“云南大學世界史學科建設與發展工作小組”辦公室，承擔著聯系與溝通我校其它部門世界史學科建設與發展相關研究人員，并與國內外學術界同行進行學術交流的職能，本教研室現有在職人員7人，其中教授2人，副教授2人，講師3人。
本教研室在職教師主要從事東南亞史、南亞史、英國史、德國史、歐美環境史、基督教和拜占庭帝國的研究。本教研室教師的研究既體現云南大學世界史研究的特色傳承，也注重與國內世界史研究主流相接軌，并體現了新的學術增長點。
除在職人員外，本教研室還有一些仍然在從事學術研究或教學指導的退休教師（如呂昭義教授、李杰教授、許潔明教授、徐康明教授、唐敏教授、趙瑞芳教授、黎家斌教授等）。
中國近現代史教研室目前共有教師7人，其中教授3人，副教授4人，6人具有博士學位。1人入選云南省首批萬人計劃“青年拔尖人才”。本教研室除了承擔歷史系本科生中國近現代史相關課程的教學任務外，還承擔了中國近現代史學科碩士研究生與博士研究生的培養任務。教研室目前有博士生導師2人、碩士生導師5人。經過多年的努力與積淀，中國近現代史教研室在學術研究上已經具有較強的基礎與鮮明的特色，在中國邊疆學、中國西南邊疆史地、中共黨史、近代云南經濟史、晚清法制史、近代華僑華人史、民國人物研究等領域取得了豐碩的研究成果。近年來，教研室成員在人民出版社、中國社會科學出版社和社會科學文獻出版社等機構出版了《云南省經濟史》《滇商巨子——王熾》《艾思奇推進馬克思主義大眾化的歷程和經驗研究》《中國近現代史與馬克思主義中國化研究》《國民政府對西南少數民族調查之研究（1929—1948）》《區域文化與社會變遷——威寧.石門坎.苗族》《中南半島云南籍華僑華人研究》《晚清法部研究》《民國學人西南邊疆問題研究》《云南行政中心的歷史變遷及疆域形成》等一批高水平學術專著。發表學術論文100多篇，其中在《中國邊疆史地》《民族研究》《人民日報》《光明日報》《馬克思主義研究》等全國一流學術刊物和核心期刊發表論文50多篇，多篇論文被《高等學校文科學術文摘》、中國人民大學復印報刊資料《中國現代史》全文轉載，產生了較大學術影響。教研室成員近年來獲得國家社科基金項目5項，省部級社科基金項目5項，云南大學一流學科邊疆治理與地緣政治學科特區（群）項目5項，獲得云南省哲學社會科學優秀成果獎一等獎1項，二等獎2項，三等獎3項。
二十世紀五十年代初，云南大學文史系分為中文系和歷史系，是最早成立的教研室之一。先后擔任教研室主任的有李埏、朱惠榮、羅秉英、楊兆榮，現任教研室主任為韓杰。1982年及2018年，從中國古代史教研室分出中國封建經濟史研究室（后改名中國經濟史研究所）和歷史地理研究所。教研室現有中國古代史二級學科博士授權點和中國古代史、史學理論與史學史二級學科碩士授權點。
中國古代史教研室一直以來承擔著多門專業核心課、基礎課和選修課的教學和研究任務，并擁有雄厚的師資隊伍，先后有張德光、李埏、馬開樑、李英華、馬忠民、朱惠榮、羅秉英、蔡葵、張鑫昌、楊壽川、徐西華、楊兆榮、陸韌、陳慶江、張軻風等著名學者和學術帶頭人?，F有韓杰、陳碧芬、和洪勇、毛春偉、祁志浩、吳昊等老中青相結合的教師隊伍，擔負著相關課程的教學和研究，也涌現出眾多頗有影響的學術成果。教研室教師先后榮獲教育部“人民教師”榮譽稱號、“霍英東優秀教師獎”、“云南省青年教師課堂教學比賽一等獎”、“云南大學紅云功勛教師獎”“云南大學紅云優秀教師獎”等榮譽稱號。